1861年3月23日に江戸(東京)で生まれた。 父は高崎藩の江戸詰藩士。札幌農学校に二期生として入学(1877.7)したのは、 クラ−ク （William S. Clark） が ”Boys, be ambitious!” と言う言葉を残して札幌を去った3ヶ月後であった。 在学中にクラ−クが起草した「イエスを信ずる者の契約」に署名。 卒業後、新渡戸稲造、宮部金吾らと共に札幌基督教会（現在の札幌独立キリスト教会）を設立（1882.1）。

農商務省等を経て米国アマスト大学へ留学。 帰国後（1888.5）教師、ジャ−ナリスト、著述家の経験をした後、 1900年（明治33年）「聖書之研究」という月刊誌を創刊。
1902年より聖書研究会を開始。

教派によらない無教会キリスト教を提唱。30年間に多くの著作を残した。 例えば、岩波文庫にて『基督信徒のなぐさめ』（1893）、 『余は如何にして基督信徒となりしか（英語の原文”How I became a Christian”）』(1895)、 『後世への最大遺物』(1897) 等が出版されている。1930.3.28死去69歳。

内村門下の中には、戦後の初代東大総長であった南原繁、 戦争中に東京大学を追放され、戦後2代目の総長となった矢内原忠雄、 伝道者であった塚本虎二、藤井武など後世に大きな影響力を持った人物が多く輩出している。

現在も内村の流れを汲む無教会クリスチャンは全国で聖書集会を持っている。 また東京には無教会クリスチャンによって運営されている二つの学生寮、春風学寮と登戸学寮があり、 東京の今井館においては、内村及び門下生達の著作、無教会キリスト教に関する資料を閲覧することができる。